Después de abandonar Thrax, atravesar el lago Diuturna y descubrir algunos de los mayores misterios de Urth, Severian entra en la recta final de su viaje. Sin embargo, antes de alcanzar su destino deberá atravesar el mayor conflicto de su mundo: la guerra entre la Mancomunidad y los ascios, el enigmático pueblo del norte cuya sociedad está completamente sometida al llamado Pensamiento Correcto.
Hasta ahora el conflicto apenas había aparecido de fondo, pero en esta cuarta novela se convierte en el escenario principal. Severian se ve obligado a cruzar campamentos militares, hospitales de campaña y campos de batalla mientras presencia el sufrimiento de soldados de ambos bandos. Al mismo tiempo, la Garra del Conciliador continúa manifestando poderes cada vez más difíciles de explicar y las visiones del protagonista se vuelven todavía más extrañas, mezclando recuerdos, sueños y posibles revelaciones sobre el futuro.
Lejos de ser una simple novela bélica, La ciudadela del Autarca utiliza la guerra para profundizar en algunos de los grandes temas de la saga: la identidad, la memoria, la muerte, el libre albedrío y el destino de la propia Urth. Además, muchas incógnitas sembradas desde La sombra del torturador empiezan por fin a encontrar respuesta, preparando el camino hacia el desenlace de una de las obras más fascinantes de la fantasía y la ciencia ficción.
La Ciudadela del Autarca
Tras abandonar el lago Diuturna, Severian continúa su viaje hacia el norte mientras reflexiona sobre la guerra. Para él no es solo un enfrentamiento entre ejércitos, sino un mundo completamente distinto, tan lleno de monstruos como el propio Urth. Pronto comienza a ver las primeras señales del conflicto: columnas de soldados, enormes bestias utilizadas para transportar suministros y caminos repletos de tropas que marchan hacia el frente.
Mientras intenta evitar a los militares, encuentra el cadáver de un joven soldado. Entre sus pertenencias descubre comida y una carta dirigida a su esposa, donde el muchacho relata la dureza de la campaña y menciona la existencia de un grupo de soldados llamados vodalarios, simpatizantes de Vodalus que incluso apoyan a los ascios. El hallazgo vuelve a recordar al lector que la guerra está lejos de ser un conflicto sencillo y que las lealtades dentro del ejército son mucho más complejas de lo que parecía.
Sin poder evitarlo, Severian utiliza la Garra del Conciliador sobre el cadáver y, una vez más, presencia uno de sus milagros más desconcertantes: el soldado vuelve a la vida sin recordar prácticamente nada de sí mismo. Aunque el muchacho apenas comprende lo que ocurre a su alrededor, ambos continúan juntos el camino hacia el norte, iniciando una extraña relación marcada por el silencio y la incertidumbre.
Tras varios días caminando, Severian decide dirigirse al norte, convencido de que allí tendrá más posibilidades de sobrevivir que regresando al sur, donde podrían confundirlo con un desertor. Durante el viaje intenta conversar con el soldado resucitado, aunque este apenas responde. Incluso le habla de Dorcas, de Jonas, del Conciliador y de la extraña capacidad de la Garra para alterar el tiempo y devolver la vida a los muertos, dejando claro que ni él mismo comprende del todo el poder que lleva consigo.
Poco después ambos enferman gravemente y son trasladados a un lazareto. Allí Severian cae presa de una fuerte fiebre que desencadena una de las visiones más extrañas de toda la saga. Sueña que regresa a la Torre Matachina, sede del gremio d ellos torturadores, donde vuelven a aparecer personajes del pasado. Todos parecen moverse entre el sueño, el recuerdo y la eternidad, mientras el agua inunda el edificio y Severian acaba siendo conducido hacia uno de los gigantescos ojos de la montaña antes de despertar envuelto en sábanas llenas de nieve. Como ocurre tantas veces en El Libro del Sol Nuevo, resulta imposible saber cuánto hay de sueño, cuánto de profecía y cuánto de realidad.

Al recuperarse conoce a varios pacientes del hospital, entre ellos Foila, Hallvard y Melito, un prisionero ascio incapaz de hablar con normalidad porque solo puede comunicarse mediante frases aprobadas por el Estado. Gracias a Foila, Severian descubre cómo funciona aquella extraña sociedad del norte, donde el pensamiento individual prácticamente ha desaparecido y hasta el lenguaje está controlado para impedir cualquier forma de discrepancia. Es la primera vez que Wolfe muestra con cierto detalle la cultura de los ascios, uno de los grandes misterios políticos de la novela.
Durante su estancia en el lazareto hay una competición de relatos entre los enfermos. El prisionero ascio cuenta El hombre justo, una historia sobre la perseverancia frente a la injusticia que refleja la rígida mentalidad de su pueblo. Después Winnoc revela que conoció a Palaemon, el maestro de Severian, muchos años antes de que este ingresara al gremio de los torturadores, aportando nuevos detalles sobre el misterioso pasado del maestro. Finalmente, Foila narra La hija del armígero, un cuento de tono caballeresco en el que una joven pone a prueba a sus pretendientes mediante una búsqueda llena de símbolos y engaños. Como ocurre en los libros anteriores, Gene Wolfe utiliza estas historias para desarrollar los mismos temas que recorren toda la saga: la identidad, el destino, el sacrificio y la apariencia frente a la realidad.
Una noche Severian acude a la capilla de las Peregrinas y vive otra de sus experiencias místicas. Durante la oración siente que su mente abandona Urth y contempla, a través de una grieta en el universo, un mundo completamente bañado por una luz dorada. Convencido de que la Garra ya no debe seguir en su poder, la esconde bajo una losa del altar. Allí conoce a Mannea, quien le encomienda una misión: localizar a un anciano ermitaño llamado Ash y convencerlo para que abandone su retiro. El viaje conduce a Severian hasta uno de los lugares más misteriosos de toda la saga: la Última Casa. La vivienda parece existir y desaparecer según el lugar desde el que se observe, recordando inmediatamente a las construcciones imposibles del Jardín Botánico y a los experimentos del padre Inire con el espacio y el tiempo. Allí conoce por fin al anacoreta Ash, un hombre tranquilo y sabio que pronto deja entrever que sabe mucho más sobre el universo de lo que debería.
La conversación entre ambos constituye uno de los momentos más fascinantes de toda la obra. Ash explica que procede de un futuro lejano, cuando Urth se habrá convertido en un mundo helado porque el Sol está casi muerto. También revela que la Última Casa no pertenece a un único momento del tiempo, sino que sus distintos niveles conectan con épocas diferentes de la historia. De este modo Gene Wolfe vuelve a dejar claro que los viajes temporales forman parte de la realidad de su universo y enlaza directamente con personajes como el Hombre Verde o Jonas, reforzando la idea de que el tiempo no avanza en una única dirección, sino que puede recorrerse como un inmenso tapiz. Finalmente, cuando Severian intenta obligarlo a regresar con él, Ash simplemente desaparece junto con la casa, como si nunca hubiera existido.

Severian acaba integrándose en una unidad de caballería irregular que participa en la gran ofensiva contra los ascios. Por primera vez presencia la guerra en toda su magnitud: máquinas de combate, criaturas imposibles, pueblos aliados muy distintos entre sí y un ejército enemigo tan disciplinado como extraño. Durante la batalla resulta gravemente herido y pierde el conocimiento en medio del caos. Cuando despierta descubre que quien lo ha rescatado es el propio Autarca. Ambos mantienen una larga conversación en la que el gobernante le revela la verdadera naturaleza de su cargo. El Autarca no es un solo hombre, sino la suma de las personalidades de todos sus predecesores, transmitidas mediante una sustancia similar al alzabo. También aclara el destino de Thecla, explica cómo manipuló a Vodalus durante años y le confiesa que siempre esperó que Severian acabara convirtiéndose en su sucesor.
Poco después la nave del Autarca es derribada y ambos caen en territorio enemigo, donde son capturados por Vodalus. Tras ser entregados a los ascios, el anciano gobernante comprende que va a morir y pide a Severian que beba la sustancia que contiene las conciencias de todos los Autarcas anteriores. El antiguo torturador acepta y, en ese instante, pasa a convertirse en el nuevo Autarca de la Mancomunidad.
Gracias a la ayuda del Hombre Verde, de Agia y de las misteriosas entidades que llevan guiándolo desde el comienzo de la saga, Severian consigue escapar. Visiones del pasado le revelan entonces que su destino no termina con el trono, sino que deberá abandonar algún día Urth para enfrentarse a la prueba definitiva que decidirá si el Sol Nuevo llegará al mundo. El muchacho aparece en el misterioso Jardín de Arena, y allí, junto a un rosal silvestre, una espina se le clava en la mano y descubre que en realidad se trata de la Garra del Conciliador. El arbusto está cubierto de ellas, comprendiendo que la reliquia mágica, que durante toda la saga se ha asociado al legendario Conciliador, un mesías que siglos atrás realizó numerosos milagros, era una simple espina de aquella planta. El arbusto está cubierto de espinas idénticas, comprendiendo que la Garra no era un objeto único. Más tarde le explicarán que el Increado, el dios supremo de este universo, se manifestó en ese lugar y que quizá fue la propia Garra la que lo guió hasta allí para despedirse de él antes de emprender su última misión.
Tras un largo viaje por el Gyoll, Severian vuelve finalmente a Nessus. Allí se encuentra con Ouen, el camarero de la Taberna de los Amores Perdidos al que ya conoció en La sombra del torturador, y descubre que en realidad es su padre. Gracias a esa conversación comprende también que Dorcas, la joven a la que rescató del lago al comienzo de la saga y de la que estuvo enamorado, era en realidad su abuela, la cual murió hace años, cerrando uno de los mayores misterios de toda la historia. Poco después entra en la Ciudadela convertido ya en Autarca, se reencuentra con Palaemon y comienza a ejercer su nuevo cargo de Autarca. Incluso libera a varios prisioneros y decide que el gremio de los torturadores debe cambiar para siempre. El libro concluye con Severian preparándose para partir en busca del Sol Nuevo. Antes de marcharse entrega el manuscrito de su historia, El Libro del Sol Nuevo, y revela que el tiempo es circular: existieron otros Severian antes que él y su propia vida forma parte de un ciclo que se repite una y otra vez a través de los corredores del tiempo. Con esa revelación termina la tetralogía principal y queda preparado el camino para Urth del Sol Nuevo, el auténtico desenlace de la historia.

Un mundo consumido por la guerra
La ciudadela del Autarca es el libro en el que Gene Wolfe deja de plantear preguntas para empezar a responderlas. La guerra contra los ascios, la verdadera naturaleza del Autarca, el origen de la Garra del Conciliador, los viajes en el tiempo y el pasado de Severian terminan encajando en una historia que transforma por completo todo lo leído hasta ese momento. Además, el protagonista deja definitivamente de ser un simple torturador errante para convertirse en el gobernante de la Mancomunidad y en el único hombre con posibilidades de traer el Sol Nuevo a Urth.
Sin embargo, la historia aún no ha terminado. Aunque esta novela cierra la tetralogía principal, muchas de las cuestiones más importantes —la prueba de Severian, el destino de Urth y la llegada del Sol Nuevo— quedan reservadas para La Urth del Sol Nuevo, el auténtico epílogo de la saga y la obra que completa el extraordinario viaje concebido por Gene Wolfe